一體化超純水設備反滲透膜系統運行過程中要嚴格監控進水水質，保障進水的預處理措施穩定及運行可靠。當通水量下降或是產水水質不合格時，要及時對反滲透膜元件進行清洗再生或是更換。一體化超純水設備反滲透膜的使用注意事項可以從如下幾個方面進行： ①硬度的影響     鈣鎂離子的鹽類，如碳酸鈣、硫酸鈣，在水中只有很小的溶解度，在反滲透膜的正常工作中，由于工作水在膜中被濃縮，各種鹽類也會被濃縮，當到達鹽類的飽和濃度時，就會在系統中產生水垢，使膜的水通量下降，脫鹽率降低，膜系統的壓差增加，嚴重影響膜的使用。
②膠體物質的影響     水中的膠體物質主要有黏土、膠體硅、金屬的氧化物(氧化鐵、氧化鋁)等，會在膜的工作層形成膠體污堵或水垢，同樣會嚴重影響元件的性能，造成產水量下降、脫鹽率降低、膜系統的壓差增加。 ③有機物的影響     水中的有機物在膜表面上的吸附會形成有機物垢，引起水通量的降低。而有機物在前處理中不容易被清除，因此選擇反滲透的水源時應給予重視。
④ pH值的影響     各種反滲透膜都有自己使用的pH值的范圍。超出其范圍可能會造成膜的降解等破環性的問題、因此使用中應密切注意進水pH值和設備使用的pH值的范圍。 ⑤水溫的影響     反滲透膜對溫度的變化反映非常明顯，水溫越高，水通量約大，但脫鹽率會降低，水溫越低，水通量越低，因此使用中會遇到水溫與水量的變化，這是正常的變化。 ⑥進水鹽濃度的影響

    進水鹽濃度越高，其滲透壓也越大，工作時保證水通量需要提供的壓力也越高，當滲透壓與高壓泵的出水壓力相等時，系統就不再產水，同時進水中的鹽濃度越高、產水的含鹽量就越高。