1微濾/超濾的物理清洗
①海綿球擦洗法用于管式超濾組件的清洗。根據膜直徑大小，選擇適應尺寸的海綿球，利用專用設備將其通過膜管，依靠海綿球與膜面的摩擦力來去除污垢，海綿球可以循環使用，直到清洗完畢為止。
②等壓大流量沖洗法任何構型的超濾組件均可利用這種方法進行沖洗。具體做法是關閉透過水閥門，打開濃縮水出口閥門，依靠增大的流速沖洗膜表面，這對去除膜表面上大量松軟的雜質有效。
③水－氣混合清洗法將凈化過的壓縮空氣與水一起送入超濾裝置，水－氣混合流體會在膜表面產生劇烈的攪動作用而去除比較頑固的雜質。
2微濾/超濾的化學清洗
當超濾膜污染比較嚴重時，僅采用物理清洗不能使通量得以有效恢復時，必須采用化學法清洗，清洗劑的選擇應根據污染物類型、污染程度、組件的構型和膜的物化性質等來確定。選擇化學清洗劑的原則，一是不能與膜及其他組件材質發生任何化學反應，二是不能因為使用化學清洗劑而引起二次污染。
①酸清洗劑常用的有檸檬酸、草酸、鹽酸，利用水泵循環操作或者浸泡0.5h～1h，對去除無機雜質效果好。配制酸溶液的pH值因膜材質類型而定。如對CA膜，清洗液pH＝3～4，其他膜如PS、SPS、PSA、PAN、PVDF，pH＝1～2。
②堿清洗劑常用的堿主要是氫氧化鈉。配制堿溶液的pH也是因膜材質類型而定。如對CA膜，堿清洗劑pH＝8左右，其他耐腐蝕膜pH＝12。
③酶清洗劑加酶洗滌劑如0.5%～1.5%胃蛋白酶、胰蛋白酶等，對去除蛋白質、多糖、油脂類污染物有效。
④消毒劑次氯酸鈉
⑤螯合劑EDTA、聚丙烯酸酯、六偏磷酸鈉。
⑥表面活性劑常用非離子表面活性劑，起潤濕、增溶、分散和去污作用。